První písemná zmínka o Hejnicích pochází z roku 1381, avšak pověst místo zmiňuje již ve 13. století, kdy zde mělo dojít k zázraku uzdravení rodiny sítaře ze sousední obce odměnou za jím zakoupenou a sem donesenou sošku Panny Marie. Z lokality se stalo poutní místo, na němž později vznikl kostel. Po několika staletích přibyl františkánský klášter a kostel byl přestavěn v barokním stylu a zasvěcen Navštívení Panny Marie. Během 19. století v obci vznikaly průmyslové továrny (porcelánky, papírny a textilky), dále škola a od roku 1900 je do Hejnic přivedena železniční trať. Rozvoj obce zapříčinil 31. července 1917 její povýšení na město uskutečněné rozhodnutím Karla I. Během první republiky Hejnice dále prosperovaly a panoval zde čilý kulturní ruch. Po druhé světové válce a odsunu zdejšího německého obyvatelstva však počet obyvatel i přes sestěhovávání rodin z československého vnitrozemí klesal. Během dubna 1950 došlo v rámci Akce K k přepadení místního kláštera, z něhož byl vytvořen internační tábor pro řeholníky nucené pracovat v blízkých továrnách. Chátrající klášter po roce 1989 prošel obnovou a roku 2001 se opětovně otevřel coby „Mezinárodní centrum duchovní obnovy“. Během léta roku 2010 však město postihly záplavy, které poničily jeho část.

Ke zdejším významným památkově chráněným stavbám patří vedle kláštera a kostela také barokní boží muka a silniční most u kostela. Pravidelně se počátkem léta konají Hejnické slavnosti.